Struktur organisasi Balai Monitor Spektrum Frekuensi Radio Kelas II Manado sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Komunikasi dan Informatika Nomor 1 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Monitor Spektrum Frekuensi Radio Kelas II sebagaimana diatur dalam Bab II dan Bagian Kedua pasal 7.